私たちヒトを生物分類の階級に従って表記すると、

動物［界］、脊椎動物［門］、哺乳［綱］、サル［目］、

ヒト［科］、ヒト［属］、サピエンス［種］となります。

つまり、

界、門、綱、目、科、属、種の順の分類階級があります。

この分類階級は、

進化の過程をたどることのできる道しるべです。

同じ階級に属している生物同士は、

性質も似通っています。例えば、

ヒト科に属している生物にはチンパンジー属や

ゴリラ属があります（図２─１）。

メタゲノム解析によって、

ヒトの腸内マイクロバイオータもこのように

分類することが可能になったのです。

解析の結果、

ヒトの腸内マイクロバイオータの99％以上は、

細菌界における以下の４つの門が

優勢であることがわかりました。

1 ファーミキューテス門（Firmicutes：名称がBacillotaに改訂された）
2 バクテロイデス門（Bacteroidetes：名称がBacteroidotaに改訂された）
→ヒトの腸内に多く存在する腸内細菌の代表格で、腸管免疫に影響を与える
3 アクチノバクテリア門（Actinobacteria：名称がActinomycetotaに改訂された）
4 プロテオバクテリア門（Proteobacteria：名称がPseudomonadotaに改訂された）
※文献等では旧名称が用いられることが多いため、本記事も旧名称で統一します。

保有しているヒトは非常に少ないのですが、

その他、

フソバクテリア門（Fusobacteria）や

ウェルコミクロビウム門（Verrucomicrobia）、

ユーリアーキオータ門（Euryarchaeota）

などの細菌も含まれています。

なお、

日本人の腸内マイクロバイオータは、

紹介した４つの門の細菌が90％以上を占めていますが、

人種によって少し異なります。

欧米人では、

４つの門に加えて、

ウェルコミクロビウム門と

ユーリアーキオータ門が加わりますが、

日本人ではこの２門は極めて少ないです。

住む地域や人種で

大きく変化する

このように、

住む国や地域、さらには人種によって

腸内マイクロバイオータは、

大きく変化するのです。

なお、ヒトと他の動物、

例えばマウスやラットなどと

腸内マイクロバイオータを比較すると、

その組成は大きく異なります（図２─３）。

そのため、

マウスやラットを用いた実験結果を、

そのままヒトに当てはめて考えることには

注意が必要です。

また、

体内では胃から大腸に向かうにしたがって、

周囲の環境

（酸性度や酸素濃度）が大きく変化します。

それに合わせ、

腸内マイクロバイオータもその組成と数が

大きく変化します（図２─４）。

これらは「善玉菌」とも呼ばれ、

ビフィズス菌は、

先ほどの3のアクチノバクテリア門に、

乳酸菌や酪酸を産生する細菌は

1のファーミキューテス門に属します。

一方、私たちの体に対して悪影響を及ぼす

代表的な細菌として、

1のファーミキューテス門に属するウェルシュ菌や

ブドウ球菌などがあり、

「悪玉菌」とも呼ばれます。

そして、

健康なときには大人しくしているけれど、

体が弱ってくると、

腸内で悪さをするような細菌も私たちの

腸内マイクロバイオータには存在します。

このような細菌は、

「日和見菌」とも呼ばれ、

ファーミキューテス門に属するレンサ球菌や、

4のプロテオバクテリア門に属する

毒を持たない大腸菌やピロリ菌、

カンピロバクターなどがあります。